Rania Yousra Ghanem
Maitrise en Biologie
Construction d’une carte génétique de l’Érable à sucreghar05@uqo.ca mail_outline
Supervisé par : Yann Surjet-Groba
Thèmes de recherches
Acer saccharum Marsh., cartographie génétique, génotypage par séquençage (GBS), polymorphisme nucléotidique simple (SNP), ONEMAP
Mon projet de recherche est sur l’érable à sucre (Acer saccharum Marsh.), qui est l’une des espèces les plus importantes sur le plan écologique et économique de l’est de l’Amérique du Nord. Malheureusement, elle fait face à plusieurs facteurs biotiques et abiotiques, tels que les changements climatiques qui influencent négativement sa croissance et sa pérennité à long terme. Afin de mieux comprendre le potentiel adaptatif de l’érable à sucre face aux changements climatiques, il est crucial d’étudier la variabilité génétique naturelle de l’espèce et son lien avec le climat, et d’explorer son potentiel d’amélioration génétique. L’érable à sucre n’a pas fait l’objet de beaucoup de recherches génétiques en raison d’absence d’outils importants permettant d’exploiter le clonage de gènes d’intérêts comme les caractères de résistance et du rendement, et de faciliter la procédure des projets de l’amélioration génétique en peu de temps. Les cartes de liaison génétique permettent de positionner des gènes sur les chromosomes. Elles représentent un outil important dans les programmes de sélection pour avancer le développement de stratégies de sélection. Elles contribuent surtout à l’amélioration de l’assemblage et la validation du génome. À ce jour, aucune carte de liaison génétique n’a été conçue pour l’érable à sucre. La particularité de cette espèce allogame à long temps de génération rend les stratégies classiques de cartographie inapplicables. Avec le développement de la technologie, de nouvelles approches d’estimation des phases de liaisons inconnues devront être ajustées.
L’objectif principal de mon projet d’étude est la construction d’une carte génétique de l’érable à sucre, à partir d’une descendance F1 récoltée au sein d’une érablière qui va être génotypée à l’aide de marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), avec une approche de génotypage par séquençage (GBS) permettant de génotyper rapidement un grand nombre de marqueurs moléculaires chez des organismes non modèles afin d’estimer l’ordre et la distance des marqueurs au sein des groupes de liaison. Cette carte génétique sera un outil important pour l’amélioration de l’assemblage et la validation du génome de l’érable à sucre.